تختص إدارة الحسابات الحكومية بما يلي :
 
1. متابعة تنفيذ النظام المالي الموحد.

2. الإشراف على تطبيق هيكل الحسابات الموحد لحكومة الإمارة وتطويره وتحديثه.

3. ادارة نظام الاستاذ العام وإقفال الفترات المالية لكافة الدوائر الحكومية.

4. الإشراف على تطبيقات النظام المالي الإلكتروني وتطويره وتحديثه.

5. متابعة وتنفيذ الإجراءات اللازمة لإعداد الحسابات الختامية للدوائر الحكومية والجهات المستقلة، وإعداد مشروع الحساب الختامي
العام لحكومة الإمارة والتنسيق مع جهاز عجمان للرقابة المالية بشأنه.

6. الإشراف والمتابعة على جميع العمليات المتعلقة بحساب الخزانة العام وبالحسابات المصرفية لحكومة الإمارة لدى المصارف والبنوك، وإجراء التسويات البنكية اللازمة لحسابات الحكومة المصرفية، ومراقبة عمليات التحويلات المصرفية.

7. متابعة إجراء التحويلات النقدية اللازمة لكافة الدوائر الحكومية.

8. الإشراف على تمويل حسابات الدوائر الحكومية والجهات المستقلة.

9.الاشراف على حساب الاحتياط العام للحكومة وتشغيل الفوائض النقدية عن طريق استثمارات قصيرة أو متوسطة المدى.

10. اقتراح السبل السليمة لتمويل الموازنة العامة للحكومة وإعداد الترتيبات اللازمة لقروض الحكومة والإشراف على متابعة سدادها.